Glosario
Secuencia de aminoácidos
También: Estructura primaria · Secuencia primaria · Amino acid sequence
Orden de residuos de una cadena; una representación completa debe especificar modificaciones y extremos relevantes.
La distinción que importa
Una secuencia de letras sin indicar amidación o estereoquímica puede dejar sin resolver la entidad exacta.
Qué es
La secuencia de aminoácidos es el orden en que los residuos se encadenan dentro de un péptido, leído siempre desde el extremo amino (N-terminal) hacia el extremo carboxilo (C-terminal). No es la lista de residuos que participan, es su orden: dos péptidos formados por exactamente los mismos residuos colocados en distinto orden son compuestos distintos y se registran por separado, aunque compartan fórmula y masa teórica. Un método de HPLC suele resolverlos, pero no está garantizado que lo haga.
Cada residuo se escribe con un código convencional. El de tres letras usa mayúscula inicial y minúsculas, y se separa con guiones: Gly-His-Lys. El de una letra usa una sola mayúscula por residuo y se escribe corrido: GHK. Los dos cubren los 20 aminoácidos codificados genéticamente, y dentro de ese conjunto la elección entre uno y otro es de espacio, no de precisión. Fuera de él la equivalencia se acaba: los residuos no codificados —Aib, Nle, Orn— se escriben en tres letras porque el código de una letra no tiene símbolo para ellos.
Lo que las letras no alcanzan a decir
El encadenamiento es sólo una parte de la identidad química. Las modificaciones se anotan fuera del código de residuos, y sin ellas la secuencia describe otra molécula, con otra fórmula y otra masa teórica.
Un mismo texto puede además leerse de dos maneras. «Gly» es un residuo en código de tres letras, pero «GLY» leído como código de una letra son tres: glicina, leucina y tirosina. La puntuación es la que evita el error, y por eso conviene respetarla al transcribir.
- Acetilación del N-terminal: se escribe Ac- antes del primer residuo.
- Amidación del C-terminal: se escribe -NH2 después del último residuo.
- Residuo en configuración D: prefijo D- en el código de tres letras, o minúscula en el de una letra.
- Puentes disulfuro y ciclaciones: se indican aparte, porque una cadena lineal de letras no puede representarlos.
Por qué importa en el control de calidad
La secuencia, con las modificaciones anotadas, es el dato del que se calcula la masa teórica del compuesto, y esa masa teórica es exactamente contra lo que se compara la masa observada en el ESI-MS. Sin secuencia declarada no hay contra qué comparar: la espectrometría deja de confirmar identidad y devuelve un número suelto.
El HPLC no cubre este hueco. Mide pureza cromatográfica —qué proporción del área total del cromatograma corresponde al pico principal— y no dice qué es ese pico. Identidad y pureza son dos preguntas separadas, cada una con su método y su renglón en el certificado de análisis.
Al recibir un lote conviene cotejar tres soportes donde la secuencia viaja escrita: el certificado de análisis, la etiqueta del vial y la ficha del catálogo. Una discrepancia entre ellos se resuelve antes de abrir nada; una vez reconstituido, el material ya no se puede devolver ni cotejar contra el sólido original.
Qué decide en un catálogo de investigación
Los análogos y los fragmentos peptídicos se describen por su diferencia de secuencia respecto de una molécula de referencia: un residuo sustituido, un extremo modificado, un tramo recortado. Comparar dos entradas por su nombre corto o su sigla no basta, porque las abreviaturas se repiten y cada proveedor las escribe distinto; comparar las secuencias completas, con sus modificaciones anotadas, sí resuelve.
La secuencia tampoco decide el manejo por sí sola. El diluyente, el volumen de reconstitución y las condiciones de conservación se consultan en la ficha de cada compuesto, no se deducen del orden de los residuos.
Cómo registrarlo
Convención de escritura, dirección, residuos no estándar y modificaciones.
Con qué se confunde
Se confunde sobre todo con el peso molecular. La secuencia determina la masa teórica, pero la masa no devuelve la secuencia: Leu e Ile tienen la misma masa, y cualquier permutación de los mismos residuos pesa igual. Una masa observada que coincide con la calculada es compatible con la secuencia declarada, no es prueba del orden de los residuos. También se confunde con la identidad completa del producto: dos materiales pueden compartir secuencia y seguir siendo sustancias distintas si difieren en la sal de contraión, en la amidación del extremo C o en la configuración de algún residuo.